社會風氣的改變進而影響到儀式、習俗和習慣的改變，土葬轉為火葬便是例子之一，於是，現代人到靈骨塔祭祀先人們成了常態。靈骨塔的祭祀方式和一般到墓地祭祀的方式不太一樣，不管是祭拜順序或是供品準備都需注意。
靈骨塔內最常見到供奉的神明有西方三聖（阿彌陀佛、觀音菩薩、大勢至菩薩）、地藏王菩薩、土地公等神明。到靈骨塔祭祀時，記得先到先人塔位前唸出先人名字，並請其到祭祀區享用供品，切忌別只稱呼「稱謂」，畢竟靈骨塔內有許多先人，祂們可能會搞不清楚是在叫誰。有些納骨塔會準備臨時牌位、臨時香爐，可請先人到臨時牌位上受供。
開始祭拜時，務必先祭拜神佛，一來表示敬意，二來感謝神佛照顧在此先人們，並指引先人們修行的路，再來才是祭拜先人。供品的準備上，祭拜神佛可準備當令盛產的鮮花水果，當令水果最鮮甜美味，也代表最高的誠意；祭拜先人則可以在鮮花水果外，再準備其生前愛吃的餅乾、水果、飲料、飯菜等，讓祂們開心，沒什麼禁忌。
焚燒給神佛的金紙準備三色金（壽金、刈金、福金）和土地公金。焚燒給先人的金紙則有區別，若先人往生不到對年（往生後一週年），則準備大銀、小銀即可；若先人往生已到對年並合爐圓滿，在準備大銀、小銀外，可再準備刈金。其實現在許多靈骨塔都很貼心會幫來不及或不知道如何準備的民眾準備好金紙，只要直接到服務處購買即可，有些靈骨塔甚至連供品也會幫忙置辦。

要挑選好的塔位位置，首先好的方位絕對要掌握，根據往生者的十二生肖不同，有各自的大利方和煞方，基本上挑選往生者生肖的大利方準沒錯！靈骨塔的地上也多會標註東、南、西、北四個方位方便大家辨認，若真的不懂，可與專業人士詢問。

• 屬鼠、龍、猴者：大利方為座西朝東，忌座南方。
• 屬牛、蛇、雞者：大利方為座南朝北，忌座東方。
• 屬虎、馬、狗者：大利方為座東朝西，忌座北方。
• 屬兔、羊、豬者：大利方為座北朝南，忌座西方。

塔位挑選的禁忌，基本上跟我們一般的住宅、陽宅相似，應避免有路沖和對角的塔位，塔位上有樑柱也應該避免。靈骨塔內的塔位通常都有分好幾層，每一層的價格會有些許不同，最熱門的塔位通常是中間幾層，也是親人們來探視時視線所及的範圍，這樣會比較方便追思懷念；但也有些人在挑選時會指定要低層的塔位，因為往生者生前不喜歡爬樓梯或是怕高；而選擇高層塔位的人，不少是認為往生者過世後需擺放在高處，象徵地位的崇高。所以，塔位層數的高低，取決於往生者生前的喜好、習慣，亦或是後代子孫的個人考量。
現在許多人會購買靈骨塔塔位作為投資，或是有些長輩預先購買自己喜歡的風水寶地，為未來做準備，像這種預售的塔位，靈骨塔工作人員會在售出的塔位上貼上一「壽」字，象徵為購買者「添福添壽」，也是告知其他挑選塔位的人這個塔位已售出。
不過，近幾年也常常發生靈骨塔買賣的詐騙事件，尤其這類的詐騙罪犯多會鎖定長者下手，若家中有長輩的人，不妨主動和長輩討論身後事，針對他們的喜好替其打算，別讓有心人士趁空而入。